Jean-Michel Carré entreprend des études de médecine pour devenir chirurgien tout en se passionnant pour le cinéma. Admis à l'IDHEC, il y obtient les diplômes de réalisation et de prise de vues. Lauréat de la bourse Feu vert pour l'aventure, il réalise un documentaire sur Cuba, qui est interdit d'antenne en octobre 1968.

Il tourne de nombreux films documentaires et plusieurs longs métrages. Il est propriétaire et directeur général de la maison de production Les Films Grain de Sable.

1973 : Liberté Jean
1975 : Le Ghetto expérimental, documentaire (coréalisateur : Adam Schmedes)
1976 : L'Enfant prisonnier
1978 : Alertez les bébés !
1981 : Votre enfant m'intéresse / On n'est pas des minus
1990 : Femmes de Fleury / Prière de réinsérer / Les enfants des prisons / Les matonnes
1991 : Contre l'oubli
1992 : Les Poussins de la Goutte d'Or
1993 : Galères de femmes
1994 : Les trottoirs de Paris / Les enfants des prostituées / L'enfer d'une mère / Les clients des prostituées
1995 : Visiblement je vous aime / Beaucoup, passionnément, à la folie
1999 : Une question de classe(s)
2000 : Charbons ardents
2001 : L'Opéra des mineurs
2001 : Sur le fil du refuge
2003 : Drôle de genre (TV)
2004 : Le Koursk, un sous-marin en eaux troubles (FIGRA 2005)
2007 : J'ai (très) mal au travail. Éditions Montparnasse. Tient sur 2 DVD : n°1 "Cet obscur objet de haine et de désir", n°2 "Souffrance et plaisir au travail".
2007 : Le Système Poutine
2009 : Grandir à petits pas
2010 : Les Travailleu(r)ses du sexe, www.films-graindesable.com/les-travailleuses-du-sexe avec l'actrice Judy Minx.
2010 : Sexe, amour et handicap
2011 : Ukraine, de la démocratie au chaos, co-réalisé avec Jill Emery (FIGRA 2013)
2011 : Chine, le nouvel empire du monde.
2013 : Chine, le nouvel empire.
2014 : Poutine pour toujours ?
2015 : Poutine, le nouvel Empire.