Jusqu'à l'âge de 12 ans, il vit en Amérique latine, à Guayaquil (Équateur). C'est en 1962 qu'il s'installe avec sa mère et son frère Robi Morder à Paris. Le 5 octobre 1967, le jour de ses 18 ans, sa mère lui offre une caméra Super 8 avec laquelle il commence son journal filmé qu'il poursuit aujourd'hui.

Joseph Morder est l'un des cinéastes les plus prolifiques du cinéma. Au milieu des années 2000, certains historiens du cinéma, comme Raphaël Bassan, lui attribuent environ 860 films. En 2015, il a dépassé les 1000 films réalisés sur six décennies.

En 1999, le cinéaste Gérard Courant, autre cinéaste prolifique, lui a consacré un film, intitulé Le Journal de Joseph M dans lequel Joseph Morder joue son propre rôle aux côtés de son égérie Françoise Michaud et de Dominique Noguez, Marcel Hanoun, Noël Godin, Boris Lehman, Luc Moullet, Roland Lethem, Dominique Païni et Mara et Nele Pigeon.

De 1966 à 2006 les Morder (Bernard, Hela) et leurs deux fils (Joseph, Robi) ont vécu 6 rue de Montmorency. Joseph Morder, considéré comme « le pape du super 8 » y a tourné quasiment au moins une scène dans ses films – depuis L'épicier (qui montre la fin d'une épicerie parisienne tenue par un vieux couple de juifs anglais y exerçant depuis l'avant-guerre) jusqu'à celui sur sa mère, La Reine de Trinidad. Lors de son déménagement fin 2006 il échange une correspondance filmée avec Alain Cavalier. À ce même numéro, chez les Morder, a vécu et travaillé la peintre iranienne Amaneh Eskandari de 2000 à 2005.

1969 : Narcisse
1971 : Zéro et quart
1971 : Histoires de Morlocks (coréalisation : les Morlocks)
1971 : L'Aventure de Walter Smith
1971 : Projet pour un film à Chamboredon (coréalisation : les Morlocks)
1971 : Un américain à Paris
1972 : La Fille du canal
1972 : L'Épicier (coréalisation : Jean-Claude Réminiac)
1972 : Le pique-nique (coréalisation : Daniel Belcberg)
1973 : Avrum et Cipojra
1976 : La Chatte de Colette
1976 : Un film de famille I
1978 : Un film de famille II
1978 : L'Été madrilène
1978 : Le Chien amoureux
1979 : La Femme en vert
1979 : Le Mariage de Joseph
1979 : Les Sorties de Charlerine Dupas 1 L'Été
1980 : Certains tombent en amour
1980 : Les Sorties de Charlerine Dupas 2 L'Automne
1981 : Anne Rochelle
1981 : Les Sorties de Charlerine Dupas 3 L'Hiver
1981 : Les Sorties de Charlerine Dupas 4 Le Printemps
1981 : Le Grand amour de Lucien Lumière
1981 : La Vie d'une femme
1981 : Le Lapin à deux têtes
1981 : Au Petit Suisse
1982 : Les Nuages américains
1983 : La Maison de Pologne
1986 : Mémoires d'un juif tropical
1988 : L'Arbre mort
1991 : Romamor
1992 : Carlotta
1994 : Voyage à Rouen
1996 : La Plage
1997 : La Reine de Trinidad
1998 : La Gare de
1998 : Ich bin ein Berliner
2001 : Quelque chose de là-bas
2001 : Assoud le buffle
2005 : El cantor
2005 : Lettre filmée de Joseph Morder à Alain Cavalier
2007 : J'aimerais partager le printemps avec quelqu'un
2013 : La Duchesse de Varsovie