Avant de devenir réalisatrice, Manuela Frésil a commencé sa carrière cinématographique en tant que scénariste de fictions et de documentaires dans les années 90. Elle écrit plusieurs fictions : Traverser le jardin (1993), Seconde Épouse (1992) et La Femme de mon mari (1994) où elle s’intéresse aux conditions des femmes africaines immigrées à Paris.

À partir de 1992, elle réalise des documentaires. Avec Notre campagne en 2000, elle tente de démystifier la vie paysanne puis elle aborde en 2003 dans Si loin des bêtes la problématique de l'élevage industriel où la vie des animaux, comme celle des éleveurs, n'est plus qu'un rouage du système de production. 

Enfin en 2008, elle écrit le scénario du projet Abattoir où elle revient vers cet univers à travers les conditions de travail dans les grands abattoirs industriels d'Europe. Le texte de ce documentaire qui a fait l'objet d'une mise en scène théâtrale à Poitiers, devient en 2011 Entrée du personnel. Grand Prix de la Compétition Française du FIDMarseille, ce documentaire lui permet d'achever ce cycle autour des conditions de travail et des conditions d'élevage animal. 

Parallèlement, elle enseigne le cinéma dans plusieurs écoles et anime, dans les années 2000, des ateliers vidéo avec notamment Le GREC (Groupe de Recherches et Essais Cinématographiques).

Dans le cadre de ces ateliers, elle réalisera en 2004 avec des malades psychotiques 7 plus un épilogue ou encore Voisine(s), en 2008, qui sont des lettres vidéo écrites par des femmes africaines immigrées à Paris.

1992 : Terre-Neuvas (coréalisé avec François Bernard, Juliette Cahen, Ariane Doublet et Pascal Goblot)
2000 : Notre campagne
2003 : Si loin des bêtes
2003 : Pour de vrai
2004 : 7 plus un épilogue
2008 : Voisine(s)
2010 : Les Nuits de la Préfecture
2011 : Entrée du personnel